Trong nem chua có các loại vi khuẩn gây thối rữa, vi khuẩn gây bệnh và các ký sinh trùng, ví dụ như giun sán. Tuy bị ức chế không hoạt động được, chúng không chết mà sẽ sinh sôi, nảy nở khi gặp điều kiện thuận lợi, gây nguy hiểm cho sức khỏe con người.
Nem chua làm từ da lợn, thịt lợn, đường, gia vị... rồi cho lên men lactic. Lúc axit lactic phát sinh, độ pH của thịt xuống thấp (khoảng 4,5) làm nem có vị chua, đồng thời protein của thịt bị đông tụ làm nem trở nên cứng chắc. Ở môi trường axit, các loại vi khuẩn gây thối rữa thịt không hoạt động được, vì vậy miếng nem không bị hư thối trong quá trình bảo quản. Tuy vậy, độ pH 4,5 không ức chế được nấm mốc phát triển (nấm mốc chỉ bị ức chế hoàn toàn khi pH<2).Mốc trắng thỉnh thoảng vẫn thấy ở lá gói nem. Nếu mốc chỉ phát sinh ở lá gói còn nem được bọc trong lớp nylon vẫn chưa bị nhớt hoặc có mùi lạ thì có thể ăn được. Nhưng nếu chính nem bị mốc, hoặc lá gói bị mốc tiếp xúc trực tiếp với nem thì không nên dùng, vì độc tố từ nấm mốc có thể đã truyền vào thịt.Ăn nem chua cũng đồng nghĩa với việc chúng ta đưa một số vi khuẩn, ký sinh trùng vào cơ thể. Do đó, tốt nhất nên nướng hoặc rán nem chua trước khi ăn.